Над городом, задуманным Петром Великим и построенным по его приказу, – три парящих символа: ангел на шпиле Петропавловского собора, кораблик над Адмиралтейством и планетарная (армиллярная) сфера над Кунсткамерой. Три символа – христианской веры, покорения стихий и постижения Вселенной. И хотя армиллярная сфера была утрачена в пожаре 1747 г. и вновь появилась на башне Кунсткамеры только через двести лет, первый общедоступный музей России, несмотря на все перемены, сохранял дух Просвещения, участвуя по мере сил в грандиозном деле инвентаризации Вселенной, завещанном Петром.

Здания музея расположены в историческом центре Санкт-Петербурга на стрелке Васильевского острова. Именно в здании Кунсткамеры в XVIII – XIX вв. располагалась основанная Петром Великим Санкт-Петербургская академия наук, которая стала колыбелью современной Российской академии наук, Санкт-Петербургского государственного университета, Библиотеки академии наук, Главной астрономической обсерватории и еще десятков других современных российских научных и музейных учреждений. Недаром изображения здания Кунсткамеры являются логотипами не только нашего Музея, но и Российской академии наук в целом.

Комплекс зданий, в котором располагается Музей антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера) РАН – МАЭ РАН, это историческое здание Кунсткамеры и пристроенный к нему в XIX в. так называемый «Музейный флигель». Основное здание Музея антропологии и этнографии – выдающийся образец барокко петровской эпохи. Это самое старое музейное здание в мире.

Выбор места для нового здания, по преданию, был сделан непосредственно Петром I. Его внимание привлекли две сосны, росшие на диком берегу Невы. Петр приказал осторожно срубить эти деревья с причудливо переплетенными и вросшими в ствол сучьями, а наиболее курьезные части их передать в Кунсткамеру. Этот один из самых ранних экспонатов Кунсткамеры и сегодня можно увидеть в экспозиции музея. На месте, где росли деревья, было решено заложить фундамент для постоянного здания Музея. Размеры задуманной постройки по тому времени были необычайно велики: длина ее достигала без малого 100 м (97.2 м), а ширина равнялась 15 м. Петр I интересовался состоянием постройки и неоднократно торопил ее окончание. Однако при его жизни здание достроено не было. К началу 1725 г. были возведены лишь стены. Кладка башни, венчавшей здание, и внутренняя отделка были осуществлены Академией уже после смерти царя-реформатора.

Первоначальный проект здания был составлен архитектором Георгом Иоганном Маттарнови, начавшим постройку, но не закончившим ее (1718–1719). После смерти Маттарнови работами руководил Николай Федорович Гербель (1719–1724), несколько видоизменивший проект. Так, оконные проемы украшались кирпичной кладкой, что выглядело богаче, но не соответствовало тому, что было на первоначальном чертеже. Нижний остов башни из двухэтажного стал трехэтажным. При Гербеле здание было выстроено вчерне, с незаконченной башней, в кладке которой появились угрожающие трещины.

Сменивший Гербеля итальянский архитектор Гаэтано Киавери (1724–1727), обнаружив дефекты в башне, настоял на создании комиссии, в которой приняли участие известнейшие архитекторы того времени Доменико Трезини, Михаил Земцов и ряд других зодчих. По предложению комиссии башня была разобрана. Г. Киавери составил новый проект оформления здания. Облик всей башни резко меняется. Нижняя объемная часть становится выше. Вместо четырех павильонов вокруг цилиндра башни появляется легкая колоннада. Высота цилиндрической части башни увеличивается. Наконец, башня увенчивается вышкой с установленной на ней астрономической (армиллярной) сферой.

Указанный вариант оформления башни является последним из нескольких выполненных Г. Киавери по требованию известного астронома Делиля, приглашенного Петром для работы в обсерватории. По проекту Г. Киавери над боковыми ризалитами по фасаду со стороны набережной вместо скромной балюстрады появились вычурные барочные фронтоны с богатой скульптурой на академические мотивы. Г. Киавери не достроил вышку башни, которую по его проекту завершил в 1734 г. архитектор Михаил Земцов.

Одновременно М. Земцов заканчивал верхнюю часть башни, увенчанную сферой. Кроме того, в 1735 г. из липового дерева мастером Кохом (вероятно по рисункам М. Земцова) были выполнены скульптуры, установленные в нишах северного и южного фасадов. Двенадцать статуй олицетворяли собой разные науки

Круглый зал первого этажа предназначался для Анатомического театра, в зале же третьего этажа был установлен «славный Готторпский глобус», переданный академии наук по сенатскому указу от 30 сентября 1725 г..

Здание значительно пострадало во время пожара 1747 г. В последующие годы оно было восстановлено С.И. Чевакинским без верхнего яруса башни. Одновременно производились работы по укреплению берега, близость которого к зданию Кунсткамеры давно вызывала опасение архитекторов. В бурную погоду волны Невы достигали ее фундамента и подмывали его. В результате работ по укреплению берег Невы был отодвинут от здания Кунсткамеры на 5 м. От стрелки Васильевского острова до 7-й линии появилась деревянная, из половинчатых бревен, набережная, а перед академическими домами выросли на высоких сваях 2 новые нарядные пристани

Первоначальный облик был возвращен зданию только в 1948 г., когда башню увенчала знаменитая армиллярная сфера (проект Р.И. Каплан-Ингеля). Капитального ремонта здания не проводилось с середины XVIII в., поэтапный ремонт и реконструкция здания были начаты лишь в 1998 г. и из-за недостаточного финансирования они далеки от завершения.

В 1887 г. Музею было предоставлено сравнительно просторное выставочное помещение, состоящее из двух залов (архитектор Р.Р. Марфельд) в здании, пристроенном перпендикулярно зданию Кунсткамеры. В этом помещении 23 сентября 1889 г. и открылась первая экспозиция объединенного Музея антропологии и этнографии. В 1912 г. над Музейным флигелем был надстроен третий этаж.

В связи с тем, что коллекционные фонды отдела антропологии МАЭ занимали до 1972 г. большую часть подвалов и чердака здания Кунсткамеры, МАЭ в 1973 г. было предоставлено здание Андреевского собора на Большом проспекте Васильевского острова. В этом здании до 1995 г. и находились коллекции и рабочие кабинеты сотрудников отдела. После возвращения Андреевского собора Русской православной церкви МАЭ было выделено здание (первоначально в оперативное управление, а с 2004 г. оно находится на балансе МАЭ РАН) по адресу Средний проспект Васильевского острова, д. 24 (так называемый «дом Аладова»). Это двухэтажное здание, которое часто в архитектурных справочниках называют типичным примером жилой постройки русского классицизма, было возведено в 1806–1809 гг. для подполковника В. Серебрякова, служившего в Адмиралтейств-коллегии. В центре — воротный проезд, оформленный четырехколонным тосканским портиком, поддерживающим балкон. Фасад завершен треугольным фронтоном. Внутри сохранились лестница на сводах и архитектурная обработка внутренних помещений начала XIX века.

В 1830-х годах участок перешел к статскому советнику С.Н. Аладову и принадлежал его семье до 1918 г. В дворовом флигеле (был перестроен в 60-х гг. XX в.; ныне – два дворовых крыла здания) в середине XIX – начале XX вв. жили ряд известных литераторов, журналистов и художников, среди которых можно назвать А.В. Тимофеева (один из поэтов пушкинской поры, печатавшийся в журнале «Библиотека для чтения»), выдающегося русского художника А.Г. Венецианова, академика исторической живописи А.Н. Новоскольцева, известного своими полотнами на библейские и исторические сюжеты.